Nato in Olanda, Jan Willem Jansen ha studiato musica con Jan Warmink, Willem Mesdag e Wim van Beek. Nel 1977 consegue il diploma di solista presso il Conservatorio Reale dell’Aia e perfeziona lo studio del clavicembalo con Ton Koopman ad Amsterdam. Si è poi trasferito in Francia dove ha lavorato con Xavier Darasse, di cui è diventato collaboratore pedagogico presso il Conservatorio di Tolosa. È anche co-fondatore del dipartimento di musica antica di questa istituzione e, insieme a Michel Bouvard, è responsabile del nuovo dipartimento superiore “Organi e clavicembali”.
Oltre al suo ruolo di insegnante, la sua attività di musicista lo ha portato a suonare con i migliori ensemble barocchi europei, in particolare La Chapelle Royale a Parigi, Le Collegium Vocale a Gand (Philippe Herreweghe), Hesperion XX a Barcellona (Jordi Savall), Les Sacqueboutiers e l’ensemble barocco di Limoges (Christophe Coin).
È titolare dell’organo Ahrend del Musée des Augustins e della Basilica di Notre-Dame de la Daurade a Tolosa.
In occasione del Festival international Toulouse les Orgues 1997, ha registrato nella raccolta Tempéraments l’opera completa per organo di Bruhns, integrata da cantate dello stesso compositore eseguite dal Parlement de Musique sotto la direzione di Martin Gester. Nel 1998 ha registrato Cabanilles sullo storico organo della Chiesa di San Pablo a Saragozza.
